Το πρώτο στάδιο αποτελεί η αξιολόγηση των μαθησιακών και γνωστικών δεξιοτήτων των μαθητών. Στο στάδιο αυτό ο Ειδικός Παιδαγωγός χρησιμοποιεί ποικίλους τρόπους συλλογής δεδομένων (σταθμισμένα και άτυπα εργαλεία αξιολόγησης, πληροφορίες από το οικογενειακό και σχολικό πλαίσιο, κ.ά.) προκειμένου με εγκυρότητα να σκιαγραφήσει το μαθησιακό προφίλ  του μαθητή και να καταγράψει τις δυνάμεις, αλλά και τις δυσκολίες που αντιμετωπίζει στον μαθησιακό τομέα. Στη συνέχεια, σε συνεργασία με την οικογένεια, καθορίζεται η στοχοθεσία του Πρόγραμματος.

Στο δεύτερο στάδιο λαμβάνει τόπο ο σχεδιασμός και η εφαρμογή του Εξατομικευμένου Εκπαιδευτικού Προγράμματος. Το ΕΕΠ περιλαμβάνει τους μακροπρόθεσμους και βραχυπρόθεσμους στόχους, καθώς και τις μεθόδους και τα υλικά που θα αξιοποιηθούν για την επίτευξή τους. Το ΕΕΠ είναι σχεδιασμένο αποκλειστικά για τον συγκεκριμένο μαθητή λαμβάνοντας υπόψη το μαθησιακό προφίλ του, αλλά και τα ενδιαφέροντά του.

Το τρίτο στάδιο αφορά την εφαρμογή του Προγράμματος. Σε όλη τη διάρκεια εφαρμογής του ΕΕΠ ο Ειδικός Παιδαγωγός τηρεί συστηματικά και αναλυτικά στοιχεία για να καταγράφει με αξιοπιστία την πορεία του μαθητή και να διαπιστώνει την πρόοδο. Αποτελεί μία δυναμική διαδικασία κατά την οποία οι βραχυπρόθεσμοι στόχοι επιτυγχάνονται ή εναλλακτικά αναδιαμορφώνονται και τροποποιούνται με σκοπό την επίτευξη των μακροπρόθεσμων στόχων και απώτερο στόχο την αποκατάσταση των δυσκολιών.